Sua raiva por não ter sido escolhido como Hokage pode ter sido o maior motivo para sua entrada na akatsuki. Sarutobi dizia: Orochimaru, embora tivesse alta capacidade, era uma pessoa com os ideais tortos, corrompido pela sede de poder.


Orochimaru continua suas pesquisas para desenvolver seus jutsus. Nesse tempo ele descobre que Kabuto Yakushi, um dos membros de sua organização, é um espião enviado por Sasori, da Akatsuki. Após restaurar a memória de Kabuto, Orochimaru consegue que Kabuto vire seu aliado, o tornando seu braço direito na organização. Com a ajuda de Kabuto e seus jutsus médicos, o Fushi Tensei é finalizado, e Orochimaru troca de corpo.

Em um momento da luta, Orochimaru invoca, com seu Edo Tensei, o Primeiro Hokage e o Segundo Hokage. Por ser difícil lutar contra dois Hokages, Sarutobi se vê sem escolha a não ser usar o Shiki Fuujin para selar a alma dos dois Hokages. Quando o jutsu de Sarutobi estava para prender Orochimaru, este resiste e usa a espada Kusanagi cravando-a na barriga de Sarutobi. Mesmo enfraquecido, ele ainda tenta completar o jutsu, mas vendo não ser possível, Sarutobi acaba por selar apenas os dois braços de Orochimaru, impedindo-o assim de usar qualquer tipo de jutsu.

No dia combinado, Tsunade não aceita a proposta e decide enfrentar Orochimaru, mas é Kabuto que começa a enfrentando. Durante a luta, Jiraya, Naruto e Shizune. Orochimaru passa a lutar contra Jiraya, que teporariamente enfraquecido não é páreo para ele, enquanto Naruto luta contra Kabuto, e Tsunade fica em choque pelo seu medo de sangue. Quando Naruto está lutando no mesmo nível de Kabuto, Orochimaru acha melhor matar logo ele. Com isso Tsunade se recupera e consegue superar seu medo para proteger Naruto. Nesse momento a luta passa a ser entre os três Sannins, com Jiraya já recuperado de sua fraqueza. Os três fazem suas invocações mais fortes, e na luta Tsunade libera parte de seu chakra que estava guardado e dá uma surra em Orochimaru. Quando o efeito de seu Chakra acaba, Orochimaru e Kabuto fogem.

Na viagem, Orochimaru percebe que está sendo seguido. Kabuto Yakushi confirma suas suspeitas. Assim, ele põe um corpo, disfarçado de Sai, pendurado numa árvore, com as habilidades de Kabuto. Orochimaru leva os dois para seu esconderijo. Lá está um ninja com um Sharingan: Sasuke Uchiha, nervoso com o atraso de Orochimaru. Orochimaru avisa Sai do perigo que é Sasuke, pedindo para Yakushi Kabuto guardar o presente de Danzou: uma lista de todos os ANBUs. Andando pelo seu esconderijo, encontra Sai e Uzumaki Naruto conversando. Orochimaru pergunta de que lado Sai está, atacando os dois. Se surpreende ao ver que Sai o traiu. Naruto tenta segurar Orochimaru. Depois de ver que os esforços de Naruto são inúteis contra ele, Yamato e Haruno Sakura chegam. Orochimaru diz que vai deixá-los vivos se eles derrubarem mais um Akatsuki, fugindo. Liberta Yakushi Kabuto, que estava preso, e vai encontrar Uchiha Sasuke, que está enfrentando os ninjas de Konoha. Orochimaru o impede de continuar, e eles fogem.

Orochimaru começa seu Jutsu de transferência de corpo (Fushi Tensei): O local do ritual escuro, com o chão feito de serpentes, Orochimaru explica que aquela é uma dimensão que existe dentro de seu corpo, Orochimaru lança suas serpentes para aprisionar Uchiha Sasuke e lembra de uma vez que tentou possuir Uchiha Itachi, mas ficou inerte perante os olhos de Uchiha Itachi. Orochimaru diz que é como daquela vez. Kabuto Yakushi estava preparando os medicamentos de Orochimaru se perguntando se Uchiha Sasuke será obediente na hora do ritual, com os preparos feitos ele se dirige ao recinto de Orochimaru, no recinto ele vê o corpo de Uchiha Sasuke em pé em meio aos restos mortais da serpente branca, e deduz que o ritual terminara, o corpo de Uchiha Sasuke passa por Yakushi Kabuto e esse lhe pergunta nesse momento qual dos dois ele é, Orochimaru ou Uchiha Sasuke. Uchiha Sasuke com seu Sharingan mostra o que aconteceu durante o Fushi Tensei,Uchiha Sasuke com seu Sharingan consegue deter, e reverter o ritual, tomando conta assim da dimensão de Orochimaru, e absorvendo-o.

Na luta de Uchiha Sasuke e Uchiha Itachi, Uchiha Sasuke usa tanto chakra, que Orochimaru se liberta de dentro da invocação de Uchiha Sasuke (Yamata no Jutsu) mas Uchiha Itachi acaba selando Orochimaru através do Susanoo. Sua morte não é certa, pois mesmo depois de selado, ainda restou a parte de sua alma incorporada a Yakushi Kabuto, que ainda não foi mostrado após seu encontro com Uzumaki Naruto.























